1996年，清华大学与深圳市政府合作创办了中国第一家新型科研机构深圳清华大学研究院（简称“深清研院”）。建院以来，深清研院首创“四不像”创新体制：既是大学又不完全像大学，既是科研机构又不完全像科研院所，既是企业又不完全像企业，既是事业单位又不完全像事业单位；形成研发平台、人才培养、科技金融、孵化服务、创新基地和国际合作六大功能板块，在探索把科研成果转化融入企业孵化的新途径中，努力把科技经济两张皮贴在创新创业企业的载体上。创造了五个“第一”：第一家新型科研机构；第一个提出“四不像”理念及模式；第一家新型科研机构的创业投资公司；第一个新型科研机构的科技金融平台；第一家新型科研机构的海外创新创业中心。

深清研院累积投入9亿多元，成立了面向战略性新兴产业的70多个实验室和研发中心，拥有包括国内外院士8名、973首席科学家6名在内的数百人的研发团队；累计孵化企业3000多家，培养上市公司27家；在珠三角地区成立了一批创新中心及孵化基地；为中小微科技企业提供“一揽子”科技金融支持，用投贷结合、投保结合等创新方式为科技企业提供服务；先后创立北美（硅谷）、英国、俄罗斯、德国、以色列、美东（波士顿）、日本等七个海外中心，引进海外人才和高水平科技项目，在国际技术转移领域进行有益探索。因对广东省及深圳市的科技经济发展做出了卓越贡献，“深圳清华大学研究院产学研深度融合的科技创新孵化体系建设”项目于2015年获得广东省科学技术奖特等奖。