中国科学院上海药物研究所是我国历史最悠久的药物研究机构，她的前身是国立北平研究院药物研究所，创建于1932年，1933年迁至上海，2003年又搬迁至浦东张江高科技园区。
上海药物研究所是以创新药物的基础研究、应用基础和应用开发研究为主的综合性研究所。通过生物学和化学两大学科的密切合作，阐明生物活性物质的结构、活性及其相互关系；探索药物作用的新机理、新靶点；完成新药临床前综合评价及研究；大力推进新药成果转化；为我国创新药物能力的全面提升起到引领作用。
上海药物研究所的主要研究领域包括：天然活性物质的发现；化合物的合成、结构修饰；药物作用的细胞和分子机制；药效评价新动物模型；新靶标的确证；药物－靶标相互作用和构效关系；分子药物设计；高通量和高内涵药物筛选；药物的早期代谢特征和安全性评价；药物新型传递系统等。并密切关注生命组学、系统生物学和胚胎干细胞等生命科学前沿领域最新进展，迅速应用它们的最新成果，提升药物研究的源头创新能力。与此同时，通过上述各个学科领域的综合研究，重点研究治疗严重危害我国人民健康的恶性肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病的新药；同时对严重影响公共卫生和社会安全的感染性及突发性疾病等开展新药研发；并加强现代中药的研发，发掘祖国医药宝库，为中药走向世界不断作出基础性、战略性的贡献。
上海药物研究所设有新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心两个国家级研究中心，五个研究室，以及一系列新药研发技术平台；主办了英文学术杂志《Asian Journal of Andrology》和《Acta Pharmacologica Sinica》，并主办以非处方药物为主的科普杂志《家庭用药》。
经过几代科研人员的努力，上海药物研究所已发展成为学科齐全、成就卓著、人才荟萃、在国内外享有较高声誉的国立药物研究机构。数十年来，上海药物研究所先后研制出了一大批重要的创新药物，近十年来又进一步建立和完善了达到国际水平的新药研究技术平台体系，成为我国新药研究最重要的中心之一。