中国民用航空局清算中心于2005年3月正式成立，是中国民用航空局直属事业单位，主要承担着民航发展基金、空管服务费、机场服务费、公务机票政府采购、行政事业性收费等资金清算工作，同时，负责民航政府采购、国库集中支付、行程单缴销等执行与管理工作。“十三五”期间，清算中心的资金清算总规模超过5000亿元。服务对象已覆盖所有国内客货运航空公司、200余家外国航空公司、境内200余家机场及地面服务单位、43家境内空中管制单位、近40万家行政事业单位、3000余家机票代理人。

自成立以来，清算中心秉承“服务民航、科学发展”理念，坚持以专业化、规范化、系统化为导向，着力拓展清算服务业务，着力创新清算保障机制，着力强化信息化平台建设，成为了行业基础设施建设、安全投入和科技创新等资金来源的“供血者”、行业资金高效流转的“集散枢纽”、行业资金安全运行的“监控平台”。